La Bodega está situada en la parte norte del monasterio y ocupa una de las edificaciones más antiguas del conjunto monástico. Las pequeñas ventanas que dan luz tenue al recinto, están a la altura del suelo exterior, con lo que resulta que más de la mitad está bajo el nivel del suelo exterior. Esto hace que la temperatura esté regulada tanto en verano como en invierno dentro de unos límites muy aceptables y propicios para la crianza reposada y sin prisas del vino.

Dentro ya de la bodega, ésta aparece claramente dividida en dos partes: Una, al fondo, más antigua, en la que las arcadas aparecen cimentadas en piedra y está formando conjunto con otras edificaciones antiguas del monasterio. Sus orígenes datan, probablemente, del siglo X - XI, aunque ha habido alguna reforma posterior.

En esta primera parte, es donde están colocadas las barricas de roble americano para la crianza del vino y donde se encuentran los equipos de trasiego y otros.

A continuación de ésta, se encuentra otra parte más moderna que puede datar de los siglos XVI-XVIII al ritmo de las edificaciones del monasterio hacia el Oeste. Los monjes fueron abandonando las antiguas viviendas y edificando otras nuevas. En esta parte es donde se encuentran las botellas de vino en periodo de crianza en botella y donde permanecen hasta su venta definitiva. Algunas de las bóvedas están adornadas con pinturas románicas recientes, hechas por un monje.

Una de las características de esta bodega es que reúne buenas condiciones para una crianza sin prisas pero sin pausa, lo que hace que el vino tenga mucha más vida que otro similar criado en otras circunstancias.

La bodega se completa con una estancia de entrada - que actualmente tiene botellas de vino - y una construcción del siglo XVIII que fue cocina de los monjes, y que en este momento podríamos decir que está convertida en una especie de “choco”, donde muy de tarde en tarde se invita a algunas personas.

Vinos añejos y jóvenes

En estos momentos, la bodega del monasterio ofrece al mercado nacional e internacional (Reino Unido, Francia, Suiza y Alemania, principalmente), un Tinto Crianza, "Cardeña", y un Tinto Reserva, “Valdevegón”, comercializados en las propias tiendas de los diferentes monasterios de la Orden del Císter por España, así como en hoteles y restaurantes selectos.